TEdb project on Starrydata

日本熱電学会の熱電特性データベースWGが主催する、学術論文からの熱電特性データベース構築プロジェクトのブログです。

クラウドソーシングでのデータ収集アルバイト【運用テスト】

熱電特性の論文を読んでStarrydata2にデータを登録していただくことで、論文1本あたり500円をお支払いできるようになりました。
(論文ダウンロード〜グラフトレース作業の報酬になります。論文の本文を読む作業は必要ありません。)

作業締切は8/2(水)となります。研究のための文献調査を兼ねたお小遣い稼ぎとして、挑戦してみてください。

なお、初めての運用テストなので、運営側の不手際がいろいろあるかもしれませんが、ご了承ください。

www.lancers.jp

作業手順は以下の通りです。

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Starrydata 英語サイト

論文投稿と学会発表を期に、Starrydata2の説明のための英語ページを立ち上げました。
以下にリンクを張っておきます。

Starrydata2の紹介サイトですが、読んだ人が2ってことは1はどこ?と気になってしまうと思ったので、タイトルはStarrydataとしております。

英語が微妙な箇所も多々あるかと思いますが、どうぞよろしくお願いします。

starrydata.wordpress.com

pymatgenのCompositionクラスの機能

pymatgenのCompositionクラスには組成式関係のよく使う機能がいろいろと実装済みです。

from pymatgen import Composition

composition_str="As2Se4Cu2"
comp=Composition(composition_str)

print("comp=",comp)
print("comp.element_composition:",comp.element_composition)
print("comp.fractional_composition:",comp.fractional_composition)
print("comp.reduced_composition:",comp.reduced_composition)
print("")
print("comp.formula:",comp.formula)
print("comp.alphabetical_formula:",comp.alphabetical_formula)
print("comp.reduced_formula:",comp.reduced_formula)
print("comp.anonymized_formula:",comp.anonymized_formula)
print("")
print("comp.num_atoms:",comp.num_atoms)
print("comp.elements:",comp.elements)
print("comp.weight:",comp.weight)
print("comp.average_electroneg:",comp.average_electroneg)
print("comp.get_atomic_fraction(\"Se\"):",comp.get_atomic_fraction("Se"))
print("comp.get_wt_fraction(\"Se\"):",comp.get_wt_fraction("Se"))
print("")
composition_str2="As1.01Cu0.99Se2.001"
comp2=Composition(composition_str2)
print("comp2=",comp2)
print("comp.almost_equals(comp2):",  comp.almost_equals(comp2))
print("comp.reduced_composition.almost_equals(comp2):",  comp.reduced_composition.almost_equals(comp2))
print("comp.reduced_composition.almost_equals(comp2,rtol=0.01):",  comp.reduced_composition.almost_equals(comp2,rtol=0.01)) # Default: rtol=0.1

出力結果は以下のようになります。

comp= As2 Se4 Cu2
comp.element_composition: As2 Se4 Cu2
comp.fractional_composition: As0.25 Se0.5 Cu0.25
comp.reduced_composition: As1 Se2 Cu1

comp.formula: Cu2 As2 Se4
comp.alphabetical_formula: As2 Cu2 Se4
comp.reduced_formula: CuAsSe2
comp.anonymized_formula: ABC2

comp.num_atoms: 8.0
comp.elements: [Element As, Element Se, Element Cu]
comp.weight: 592.7751999999999 amu
comp.average_electroneg: 2.295
comp.get_atomic_fraction("Se"): 0.5
comp.get_wt_fraction("Se"): 0.5328158128072834 

comp2= As1.01 Cu0.99 Se2.001
comp.almost_equals(comp2): False
comp.reduced_composition.almost_equals(comp2): True
comp.reduced_composition.almost_equals(comp2,rtol=0.01): False

単純なプログラミングなので自分でできそうな気になってしまいますが、
いちいちやっていると面倒くさいので、こういうのを有効活用しましょう。

Materials ProjectのAPIの使い方(pymatgenを使う方法)

pymatgenのMPResterクラスを使って、Materials Projectからデータを取得してみます。
MPResterクラスのソースコードを見ると、以下のようなメソッドがあります。
使い方も、ソースコードに書いてあります。

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アメリカのすごいMaterials Informaticsサイト

アメリカは2011年にMaterials Genome Initiative(MGI)が始まり、莫大な予算をつけてきたことや、IT技術が進んでいることなどにより、すごいMIができるサイトがいっぱいあります。すべて無料で使用でき、元データを一括で入手することもできます。

私の専門分野である熱電材料に偏ってしまいますが、そんなサイトをいくつか紹介したいと思います。

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